Cet article s'intéresse à la formation professionnelle des futurs professeurs de sciences physiques des lycées et collèges en lien avec leurs difficultés à organiser des situations d'enseignement-apprentissage propices à des apprentissages efficaces des élèves. Il se propose d'apporter une contribution théorique à l'analyse de ces difficultés rencontrées par les futurs enseignants au cours de leur stage pratique après la formation théoriques à l'École Normale Supérieure de Koudougou. À l'aide d'entretiens, de questionnaire et sous l'éclairage de l'objet théorique de cours d'action, nous amenons le futur enseignant à fournir des éléments indispensables à la compréhension de la production de son activité en relation avec la réalité de sa pratique. A partir des données recueillies, nous identifions les difficultés auxquelles ces enseignants sont confrontés dans la mise en œuvre de leurs savoirs théoriques qui semblent se situer au niveau pédagogique, didactique et épistémologique. Des perspectives dans le sens de la prise en compte de certains aspects dans leur formation initiale à l'école sont dégagées à ces différents niveaux.